理事会是协同创新中心的最高决策机构。理事会负责制定中心的重大发展战略；批准中心的重要政策和规章制度；批准专家委员会成员、中心主任的聘任；通过中心的年度工作总结报告和年度财务决算报告；通过中心的年度工作计划和年度财务预算报告；检查和监督中心运行和经费使用中的其它重大问题。

理事会聘请熟悉国内外发展状况、有较深学术造诣的国内外知名同行专家组成创新中心专家委员会。专家委员会是协同创新中心的学术咨询机构，负责对中心发展战略规划、学术方向、人才队伍建设、国际学术交流与合作等提出建议和咨询；对中心技术前沿问题提供决策咨询；对项目立项、人员评聘、成果评估等学术事项进行审议；听取和参与审议中心年度工作计划和年度工作报告。

创新中心实行理事会领导下的中心主任负责制。协同创新中心设主任1名。创新中心主任负责制定发展规划和具体实施，领导开展中心的管理、科研、学术活动，充分发挥中心的服务平台作用，负责教育教学计划的制定和完善，负责研究团队建设和年度考核，负责向理事会汇报中心的工作情况。

中心设立5个研究所，每个研究所为1个研发团队，每个团队由1名首席专家、3～4名学术骨干和6～8名研究人员组成。